La sede del CEJE se encuentra en el edificio de bibliotecas de la Universidad de Navarra, en Pamplona (España).
El Centro de Estudios Josemaría Escrivá (CEJE) es una sección del Instituto Histórico San Josemaría Escrivá de Balaguer. El CEJE inició sus trabajos en el marco de la Universidad de Navarra (Pamplona, España) en 1995, antes de la creación del Instituto.
Mediante decreto de fecha 26 de junio de 2002, S.E. mons. Javier Echevarría, Gran Canciller de la Universidad de Navarra, completó su fisonomía, estableciendo que dependiera del Instituto Histórico San Josemaría Escrivá de Balaguer para las tareas científicas y de investigación.
